O Ricardo do blogue Utilizar a Bicicleta na Cidade fez um apanhado das actuais hipóteses de levar a bicicleta nos transportes públicos de Lisboa. A bicicleta é a um excelente complemento a quem tem que fazer grandes deslocações no dia-a-dia, por exemplo para os poucos quilómetros até à estação de comboio. Como já disse aqui, o Comité Económico e Social Europeu disse que este tipo de intermobilidade é fundamental nas nossas cidades.
Aqui fica a informação actual:

CP - Urbanos Lisboa e Porto: Gratuito com horário condicionado. "O transporte gratuito de bicicletas aos dias úteis não se pode realizar nos comboios com destino a Lisboa ou Porto das 07h00 às 10h00 e nos comboios com origem em Lisboa ou Porto das 16h00 às 20h00".
Comboios Regionais: Gratuito sem limitações horárias. "O transporte gratuito de bicicletas faz-se sem restrição de horário, no entanto, o Operador de Revisão pode recusar o embarque da bicicleta caso o comboio esteja lotado e o respectivo transporte inviabilizar o bom funcionamento do serviço de transporte de passageiros" (ler mais).

Fertagus: Gratuito com horário condicionado. "É permitido o transporte gratuito de velocípedes nos comboios da Fertagus, todos os dias da semana, excepto às Horas de Ponta nos dias úteis, ou caso se verifiquem grandes aglomerações de passageiros".
"Em cada carruagem só poderão ser transportados no máximo dois velocípedes" (ler mais).

Metropolitano de Lisboa: Gratuito com horário condicionado. Nos dias úteis a partir das 20h30 e durante todo o dia aos fins-de-semana e feriados (ler mais).

Transtejo/Soflusa: Gratuito sem limitações horárias. "Permissão de transporte gratuito de bicicletas, todos os dias e em todos os transportes fluviais, em qualquer horário, excepto na ligação entre Cacilhas e o Cais do Sodré às horas de ponta" (ler mais).

Carris: Gratuito com horário e ligações condicionadas. Aos fins-de-semana e feriados, nas carreiras 708 (Martim Moniz - Parque das Nações) e 723 (Desterro - Algés). "Cada autocarro tem capacidade para quatro bicicletas" (ler mais).